Beyin ve Sinir Cerrahisi Anabilim Dalı 1997 yılında Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi bünyesinde faaliyete başlamıştır. 01 Kasım 2013 tarihinden itibaren Ali Çetinkaya Kampüsü içinde yer alan D Blok’ta kendine tahsis edilen 22 yataklı servis (yetişkin ve pediatrik) ve 7 yataklı Nöroşirürji yoğun bakım ile faaliyetine devam etmektedir. Nöroşirürji Kliniği; halen 1 Profesör Doktor, 3 Yardımcı Doçent Doktor olmak üzere 4 Öğretim Üyesi ve 5 Araştırma Görevlisi kadrosuna sahiptir.

- Nörotravma: Beyin, sinir ve omurilik travması sonrası gelişen patolojilerin medikal ve cerrahi tedavisi,

- Nöroonkolojik cerrahi: Beyin, omurilik ve periferik sinir tümörlerinin cerrahi tedavisi

- Nörovasküler cerrahi: Beyin ve omurilik bölgesinde görülen damarsal patolojilerin cerrahi tedavisi.
 
- Ağrı Tedavisi: Kronik baş, boyun, sırt ve bel ağrılarına sebep olan problemlerin tetkik ve tedavisi,

- Periferik Sinir Sistemi Cerrahisi: Periferik sinirlerle ilgili her türlü travma, tuzak nöropati ve tümörlerin tetkik ve tedavisi,

- Spinal Cerrahi: Bel ve boyun fıtıklarının mikrocerrahi ile tedavisi, travma ve diğer patolojik durumlara (dejenerasyon, enfeksiyon, tümör ve vasküler lezyonlar) bağlı gelişen omurga ve omurilik patolojilerinin tetkik ve tedavisi, perkütan minimal invaziv yaklaşımla patolojik omurga kırıklarının cerrahi tedavisi, bel fıtıklarının boşaltılması

- Stereotaktik ve Fonksiyonel Nöroşirürji: İlaç tedavisine cevap vermeyen sara nöbetleri (vagal sinir stimülatörü yerleştirilmesi), spastisite ve medikal tedaviye yanıt vermeyen ağrı gibi patolojilerin cerrahi tedavisi, derin beyin tümörlerinden biyopsi alınması, beyin absesi ve beyin kanamalarının iğne ile girilerek boşaltılması,

- Pediatrik Nöroşirürji: Pediatrik yaş grubunda görülen santral ve periferik sinir sistemine ait; doğumsal anomaliler, travma, tümör, enfeksiyon ve vasküler patolojilerin cerrahi tedavisi, 

- Nöroendoskopik cerrahi: Hidrosefali’de 3. Ventrikülostomi, kistoventrikülostomi, intraventriküler tümörlerden endoskopik biyopsi alınması, endoskopik transsfenoidal hipofiz tümörü ameliyatları yapılmaktadır.

Beyin ve Sinir Cerrahisi Kliniği’nde yılda ortalama 1000 ameliyat yapılmaktadır. Beyin ve Sinir Cerrahisi polikliniği randevulu ve randevusuz olarak haftanın 5 günü hizmet vermekte ve yılda yaklaşık 12.000 hasta kabul edilmektedir.